Śledzenie wariantów wirusów w USA poprawiło się po powolnym starcie

Po powolnym starcie Stany Zjednoczone ulepszyły swój system nadzoru, aby śledzić nowe warianty koronawirusa, takie jak Omicron, zwiększając jego wydajność o dziesiątki tysięcy próbek tygodniowo od początku tego roku.

Wirusy nieustannie ewoluują. Aby znaleźć i śledzić nowe wersje koronawirusa, naukowcy analizują skład genetyczny części próbek, które okazały się pozytywne.

Przeszukują chemiczne litery kodu genetycznego wirusa, aby znaleźć niepokojące nowe warianty, takie jak omicron, i śledzić rozprzestrzenianie się znanych wariantów, takich jak delta.

To wysiłek globalny, ale do niedawna Stany Zjednoczone wniosły bardzo niewielki wkład. Dzięki nieskoordynowanym i rozproszonym testom, Stany Zjednoczone układają sekwencję Mniej niż 1% pozytywnych próbek na początku tego roku. Teraz te testy są wykonywane na 5% do 10% próbek. Jest to bardziej zgodne z kolejnością innych krajów i Udostępnione globalnym monitorom chorób przez całą epidemię.

„Nadzór genomowy jest potężny” — powiedział Kelly Wroblosky, dyrektor ds. chorób zakaźnych w Association of Public Health Laboratories.

Przyczynia się do tego około 70 stanowych i lokalnych laboratoriów zdrowia publicznego, które co tydzień przygotowują 15 000 do 20 000 próbek. Inne laboratoria, w tym te obsługiwane przez Centers for Disease Control and Prevention i ich wykonawców, przynoszą w sumie od 40 000 do 80 000 tygodniowo.

Dziewięć miesięcy temu analizowano w ten sposób około 12 000 próbek każdego tygodnia.

„Jesteśmy w znacznie lepszym miejscu niż rok, a nawet sześć czy dziewięć miesięcy temu”, powiedział Kenny Beckman z University of Minnesota, który dał kredyt na dystrybucję federalnych dolarów do publicznych i prywatnych laboratoriów. Prowadzi uniwersyteckie laboratorium genomiczne, które obecnie organizuje około 1000 próbek tygodniowo ze stanów takich jak Minnesota, Arkansas i Południowa Dakota. Rok temu laboratorium nie wykonało sekwencji.

Opierając się na 1,7 miliarda dolarów w ustawie prezydenta Joe Bidena o pomocy w koronawirusie, Stany Zjednoczone pracują nad stworzeniem krajowej sieci, aby lepiej śledzić wzrosty koronawirusa.

Jednak dr William Moss z Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health powiedział, że około dwudziestu krajów ma większy odsetek pozytywnych próbek niż Stany Zjednoczone. Pojawienie się firmy Omicron mogłoby „zachęcić Stany Zjednoczone do robienia tego lepiej”.

„Myślę, że przed nami jeszcze długa droga” — powiedział Moss.

niektóre kraje jest serializowany Dr Phil Vibo, dyrektor medyczny Illumina, firmy z siedzibą w San Diego, która opracowuje technologie sekwencjonowania genetycznego, zauważył, że tylko około 1% próbek, podczas gdy inne mieszczą się w zakresie 20%.

„Możemy podejść do tego bardziej systematycznie i bardziej konsekwentnie, więc zapewniamy, że nie ma pustyń dla monitorowania genetycznego, w których moglibyśmy przeoczyć pojawienie się wariantu” – powiedział Fibo.

Dzięki wysiłkom monitorowania standardowe testy PCR z użyciem wymazów z nosa wysłane do laboratoriów mogą wykryć oznakę, że ktoś może mieć wariant omikronowy. Jeśli test PCR jest pozytywny tylko dla dwóch z trzech genów docelowych – tak zwany wynik testu S-leak – jest to oznaką omikronu jeszcze przed dodatkowym etapem sekwencjonowania genetycznego, aby to udowodnić.

To szczęście – powiedział Trevor Bedford, biolog i genetyk z Centrum Badań nad Rakiem im. Freda Hutchinsona. „Jeśli potrzebujesz serializować selekcję zmiennych, zawsze będzie to trochę późno i będzie droższe. Jeśli polegasz tylko na tym S-dropout jako selekcji, będzie to łatwiejsze.”

Powiedział, że inne zmienne również wywołały ten skos w wynikach testu PCR, ale nie zmienna delta. Bedford powiedział, że Delta dominuje teraz w Stanach Zjednoczonych, więc odpadnięcie S zostanie zauważone. (Bedford otrzymuje fundusze z Instytutu Medycznego Howarda Hughesa, który wspiera również Departament Zdrowia i Nauki Associated Press).

Dr Anthony Fauci, czołowy ekspert od chorób zakaźnych w kraju, powiedział, że „nie ma mowy”, aby O’Micron mógł przedostać się do Stanów Zjednoczonych.

Kilku ekspertów powiedziało, że prawdopodobnie już tu jest i wkrótce zostanie odebrany przez system monitoringu. Ale pytanie brzmi: co dalej?

„Nie mamy takich ograniczeń w podróżach międzystanowych, które umożliwiłyby zatrzymanie wirusa w dowolnym miejscu” – zauważył badacz AIDS z University of Wisconsin, David O’Connor.

Zamiast tego, monitorowanie genetyczne powie urzędnikom, czy omicron rozprzestrzenia się z niezwykłą prędkością w danym miejscu i czy należy wysłać więcej zasobów w te miejsca, powiedział.

Kiedy Omicron wyjdzie na powierzchnię, organy zdrowia publicznego będą musiały wziąć pod uwagę inne zmienne w staraniach o selekcję, takie jak poziom infekcji już obecny w tej społeczności i wskaźnik szczepień. Szczególnie niepokojący byłby wybuch tej groźnej choroby na silnie ufortyfikowanych obszarach.

Jednak Beckman z University of Minnesota widzi niewiele korzyści w znaczącym zagęszczaniu sekwencji.

„Nie muszę sekwencjonować więcej niż kilku procent pozytywnych przypadków, aby zorientować się, jak szybko rosną” – powiedział.

W przeciwieństwie do niektórych innych krajów, urzędnicy rządowi USA nie skorzystali z prawa zmuszania ludzi do poddania się kwarantannie, jeśli wynik testu na niepokojące warianty jest pozytywny. Biorąc to pod uwagę, sekwencjonowanie jest przede wszystkim narzędziem monitorującym do śledzenia rozprzestrzeniania się mutacji.

„Myślę, że śledzenie zmiennych jest ważne, ale nie wydaje mi się, aby praktyczne było myślenie, że będziemy w stanie szybko i na wystarczająco dużą skalę, aby zatrzymać zmienną w jej śladach” – powiedział Beckman.

___

Pisali Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone i Ricardo Alonso Zaldivar.

___

Departament Zdrowia i Nauki Associated Press otrzymuje wsparcie od Wydziału Edukacji Naukowej Instytutu Medycznego Howarda Hughesa. AP ponosi wyłączną odpowiedzialność za wszystkie treści.