UHPLC-Q-Orbitrap-MS/MS służy do identyfikacji związków aktywnych w tradycyjnej medycynie chińskiej

Naukowcy z Uniwersytetu Medycyny Chińskiej Changchun w Changchun w Jilin w Chinach wykorzystali ultrawysokosprawną chromatografię cieczową-kwadrupol-orbitrap-MS/MS (UHPLC-Q-Orbitrap-MS/MS) do zidentyfikowania składników aktywnych w wywarze TongFu XieXia dla leczenie jelit. inwalidztwo. Ich ustalenia zostały opublikowane w Szybka komunikacja w spektrometrii mas (1).

Odwar TongFu XieXia (TFXXD) to preparat zakorzeniony w Tradycyjnej Medycynie Chińskiej (TCM). Stanowi zaawansowaną wersję wywaru Da Cheng Qi, klasycznej chińskiej formuły ziołowej stosowanej w leczeniu niedrożności jelit (IO), wykazującej w tym procesie znaczną skuteczność terapeutyczną (2). Jednakże ze względu na złożony charakter preparatu ziołowego naukowcy nie wyjaśnili jeszcze głównych składników i potencjalnych mechanizmów TFXXD. W tym badaniu naukowcy starają się zidentyfikować aktywne związki i cele molekularne TFXXD, mając nadzieję na wyjaśnienie mechanizmów anty-IO w tym procesie.

Aby jakościowo zidentyfikować główne składniki TFXXD, naukowcy przeprowadzili wysokosprawną chromatografię cieczową z kwadrupolową spektrometrią mas (UHPLC-Q-orbitrap-MS/MS). PharmMapper, co? Zdefiniujmy, wykorzystano go w celu ułatwienia przewidywania potencjalnych celów molekularnych, natomiast analizę interakcji białko-białko przeprowadzono przy użyciu programu STRING 11.0. STRING 11.0 to baza danych, która „ma na celu gromadzenie, rejestrowanie i integrowanie wszystkich publicznie dostępnych źródeł informacji o interakcjach białko-białko, uzupełnianie ich przewidywaniami obliczeniowymi” w celu stworzenia „kompleksowej i obiektywnej sieci globalnej, w tym sieci bezpośredniej” ( fizyczne), jak i pośrednie (funkcjonalne) interakcje. „ (3). Następnie przeprowadzono analizy wzbogacania genów i Encyklopedię genów i ścieżek genomu z Kioto, przy czym pierwsza była metodą analizy do analizy wzbogacania zestawów genów, podczas gdy druga została wykorzystana do „ systematyczna analiza funkcji genów, łącząca informację genomową z informacją funkcjonalną wyższego rzędu.” (4), 5). Następnie starannie skonstruowano sieć „szlaków związków docelowych”, a na koniec przeprowadzono badania dokowania molekularnego w celu zarejestrowania interakcji między głównym celem a związkiem będącym przedmiotem zainteresowania.

Za pomocą analizy UHPLC-Q-Orbitrap-MS/MS zidentyfikowano sześćdziesiąt pięć składników, wszystkie z dużą dokładnością i czułością. Ponadto zidentyfikowano 64 potencjalne cele stanowiące integralną część bioaktywności TFXXD w terapii dootrzewnowej. Analiza wzbogacenia genów w onkologii ujawniła 995 różnych funkcji biologicznych, podczas gdy analiza wzbogacenia genów i genomu w Encyklopedii Kioto pozwoliła zidentyfikować 143 złożone szlaki sygnałowe. Badania dokowania molekularnego wykazały niezwykłe powinowactwo między bioaktywnymi składnikami TFXXD a odpowiadającymi im celami w kontekście IO. Co więcej, TFXXD wywiera swoje działanie terapeutyczne w IO poprzez wieloaspektową interakcję pomiędzy wieloma związkami, celami i szlakami. Naukowcy doszli do wniosku, że „integracja farmakologii sieciowej z UPLC-Q-Orbitrap-MS/MS okazała się obiecującą strategią pozwalającą na rozwikłanie złożonej sieci interakcji molekularnych leżących u podstaw ziołolecznictwa” (1). Podkreślają jednak również potrzebę dalszych eksperymentów in vivo i in vitro, zanim podejście to będzie można zastosować w praktyce.

Bibliografia

(1) Ma, L.; Wu, Y.; Lu, J.; błonnik; i in. Identyfikacja związków aktywnych i mechanizm działania TongFu Szybkie połączenie. Widmo masowe. 2023, 38 (2), e9664. Identyfikator cyfrowy: 10.1002/rcm.9664

(2) Yang, B.; Shaw, FY.; Sun, H.J. Zhou, Z.; i in. Odwar Da-Cheng-Qi, tradycyjny chiński preparat ziołowy do leczenia niedrożności jelit: przegląd systematyczny i metaanaliza. Daleko. J Trade. komplement. alternatywny. Med. 2014, 11 (4), 101-119. Identyfikator cyfrowy: 10.4314/ajtcam.v11i4.17

(3) Shklarczyk, D.; Gable, AL. Lyon, D.; Junga, A.; i in. STRING v11: Sieci asocjacji białko-białko o zwiększonym zasięgu, wspierające odkrywanie funkcjonalne w eksperymentalnych zbiorach danych obejmujących cały genom. Kwasy nukleinowe Res. 2019, 47, D607-D613. Identyfikator cyfrowy: https://doi.org/10.1093/nar/gky1131

(4) Analiza wzbogacania GO. Narodowy Instytut Badań nad Genomem Człowieka 2024. https://geneontology.org/docs/go-enrichment-analogy/ (Dostęp: 16.5.2024)

(5) Kanehisa, M.; Idź do s.; KEGG: Encyklopedia genów i genomów z Kioto. Kwasy nukleinowe Res. 2000, 28 (1), 27-30. Identyfikator cyfrowy: https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27